Los principales olores en la industria pesquera se originan en los procesos de producción de harina de pescado. Mientras mayor sea la frescura de la materia prima, menor es la degradación proteica de ésta, lo que reduce fuertemente las emisiones de aminas y ácido sulfhídrico asociada a la descomposición, compuestos responsables de los gases odoríficos molestos que generan estos procesos.
La industria pesquera emite bajos niveles de material particulado, los que han sido minimizados por mejoramiento en las eficiencias de combustión en calderas, incorporación de filtros, renovación de ciclones sellados con cámaras de lavado y uso de mangas electroestáticas.
En los procesos de la industria pesquera como son las descargas de materia prima, producción de harina, congelados y conservas de pescado, se utilizan importantes volúmenes de agua que se traducen luego en residuos industriales líquidos.